bu mahkemeler, fransız ihtilali'nin devrim mahkemelerinden esinlenerek kuruldu. mahkemelerin kararları kesindi ve bir üst mahkemesi olmadığı için temyiz hakkı da yoktu. bu özellikleriyle "ihtilal mahkemeleri" niteliğindeydi. çünkü yasama ve yürütme yetkilerini elinde bulunduran meclis, böylece yargı yetkisini de kullanarak bir ihtilal meclisi haline geliyordu.sıkıyönetim mahkemeleri, görevini istiklal mahkemelerine devretti. böylece, istiklal mahkemelerinin bakamayacağı dava kalmayacaktı.
tüm devlet görevlileri dahil herkesi yargılayabilecekleri ve hiçbir kanun maddesine bağlı kalmadan vicdani kanaatlere göre ceza verebilecekleri belirtiliyordu.
en yoğun çalışan şube ankara istiklal mahkemesi oldu. damat ferit paşa hükümetinin bazı üyeleri ile sevr barış anlaşmasını imzalayanları, kuvayı inzibatiye ile askeri nigehban cemiyeti yöneticilerini gıyaplarında yargılayıp vatana ihanetten idama mahkum etti. çerkez ethem ve kuvayı seyyare komutanları için de aynı şekilde idam kararları aldı. gizli komünist partisi ile yeşil ordu üye ve yöneticilerini de yargıladı. bunların çoğuna ölüm cezası verdi ve yakalananlar hemen infaz edildi.
istiklal mahkemelerinin iki yıl içinde yargıladığı insan sayısı 13 bin kişiyi buldu. hüküm giyenlerden 108'i idam, 279'u müeccelen idam ve 48'i de yokluğunda idam cezasına çarptırıldı. öteki mahkemeler de casusluk, düşmana hizmet, eşkıyalık, yataklık, hırsızlık, hükümet aleyhtarlığı, rüşvet, sarkıntılık, sahtekarlık, vatana ihanet, türklüğü tahkir, vazifeyi suistimal, vazifeyi ihmal, kanuna muhalefet vb. çeşitli davalara baktılar ve çok ağır cezalar verdiler.
1922'de idam kararlarının meclisin onayından geçirilmesi koşulu kondu. aynı yıl bu yeni kanunla istiklal mahkemelerinin çalışmalarına meclis kararıyla son verildi.